剧情接《倾物语》，在与忍野忍结束时间跳跃后回到当代的阿良良木历，向八九寺真宵归还遗落在阿良良木家的背包后，在路上却遭到不明物「暗（くらやみ）」的袭击。危机之际，被斧乃木余切搭救。在「叡考塾」废墟中，小忍向历讲述了自己400年前在日本与第一任眷属的相遇和遭到「暗」的袭击的经过。再次遭到「暗」袭击的历与小忍失去了联系，最后在神秘的卧烟伊豆湖的帮助下得知了「暗」的正体是追杀偏离了怪异之道的怪异的非存在，而追杀的目标不是小忍而是八九寺真宵。由于母亲节时得到阿良良木历的帮助，真宵回到了自己的家，而此刻的真宵已经成佛，但是真宵却迟迟不去那个世界报到，依然留在这个小镇。让人迷路的怪异「迷牛」却不再让人迷路，真宵已经偏离了怪异之道，因此，「暗」出现了，要将八九寺以及目击到八九寺的人类全部吞噬。最后，为保全大家，真宵含笑成佛。
全作故事以莉莉安女子学园的传统为主轴，身为一年级新生的主角 福泽佑巳遇上了二年级的 小笠原祥子，两人在经历重重障碍后成为「姊妹」的关系。故事就围绕著学生会「山百合会」中的朋友和同学们展开。 而第四季的动画内容将紧接著第三季的结尾往后发展，也将忠於原作故事，另外，也确定了第二季的动画 DVD 将在 2009 年 2 月 25 日发售。 新加入的声优包括了 井上麻里奈、川澄绫子和 小山力也，分别饰演作品中的「内藤笙子」、「细川夕子」以及细川可南子的父亲。而原本就已有出演 鸟居江利子的声优 天生目仁美，也将担任新角有马菜菜的配音。
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